Beliau berkahwin dengan Amanda Docter dan mempunyai dua anak, Nicholas dan Elie.[8] Elie mempunyai bahagian bercakap dalam Up sebagai Ellie muda dan inspirasi untuk Riley dalam Inside Out.[25]

Docter merupakan peminat anime, terutamanya karya Hayao Miyazaki. Docter telah mengatakan bahawa animasi Miyazaki "telah mengamati detik-detik kebenaran yang indah yang anda hanya mengenali dan bertindak balas kepada".[19] Beliau juga peminat kerja yang dilakukan oleh pesaingnya di DreamWorks juga. Merujuk kepada persekitaran yang kompetitif, beliau berkata: "Saya fikir ia adalah persekitaran yang lebih sihat apabila terdapat lebih banyak kepelbagaian".[3]

Docter juga seorang Kristian yang taat. Walaupun beliau menggabungkan moral peribadi beliau ke dalam karyanya, beliau telah berkata bahawa beiau tidak berniat untuk membuat filem dengan mesej agama yang jelas.[11] Mengenai hubungan antara iman dan pembikinan filemnya, Docter berkata:

Saya tidak fikir orang dalam apa jua cara, bentuk, atau bentuk yang ingin disampaikan. Apabila orang pergi ke filem, mereka mahu melihat beberapa jenis pengalaman diri mereka di skrin. Mereka tidak datang untuk diajar. Jadi dalam erti kata itu, dan dari segi kepercayaan apa pun, saya tidak mahu merasa seolah-olah saya pernah mengajar atau meletakkan agenda sebagainya.[8]